1986年至2003年，昌邑区经历了两次区划和一次调整，辖区范围发生了较大变化。
1985年昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、南京、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建和延江13个街道办事处，面积33平方千米。1992年3月4日吉林市行政区划，将原郊区九站乡、孤店子镇、双吉街道、九站街划归昌邑区。同时，将昌邑区所属的南京街道、站前街道吉林大街以西部分划归船营区管辖。调整后，辖区面积由原来的33平方千米增加到253平方千米。昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、九站、双吉14个街道和九站乡、孤店子镇2个乡镇。
1999年2月，市政府将九站街、九站乡从昌邑区版图划出，成立吉林经济技术开发区，昌邑区面积缩减为119平方千米。昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、双吉13个街道和孤店子镇。
2000年1月1日，吉林市将原永吉县的两家子满族乡、土城子满族朝族乡、河湾子镇、桦皮厂镇和原船营区的左家镇划归昌邑区。这时昌邑区面积为769.92平方千米，是昌邑区管界面积最大的时期。昌邑区共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、双吉13个街道，两家子满族乡、土城子满族朝族乡2个乡，河湾子、桦皮厂、左家镇、孤店子4个镇。
2001年3月22日，昌邑区政府将原河湾子镇与左家镇合并，合并后的镇名为左家镇。昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、双吉13个街道，两家子满族乡、土城子满族朝族乡2个乡，左家镇、桦皮厂、孤店子3个镇。
2002年，昌邑区共辖东局子、延江、哈达湾、兴华、民主、延安、莲花、文庙、通江、新地号、新建、双吉13个街道，桦皮厂镇、左家镇、孤店子镇、土城子乡、两家子乡5个乡镇，东市商贸示范区、虹园经济管理区、幸福经济管理区3个开发区。昌邑区总面积为769.92平方千米 。12月30日，吉林省民政厅批复同意撤销九站乡，并入九站街道（由吉林经济技术开发区代管）。
2003年，昌邑区辖：哈达街道、兴华街道、延江街道、延安街道、民主街道、通江街道、文庙街道、怡春里街道、维昌街道、站前街道、新地号街道、莲花街道、新建街道、东局子街道、双吉街道、九站街道（由吉林经济技术开发区代管）、孤店子镇、左家镇、桦皮厂镇、两家子满族乡、土城子满族朝鲜族乡。
截止2006年末，昌邑区共设64个社区、403个村。 2012年，昌邑区第一产业总产值12449万元（现价）。
2012年，昌邑区农林牧渔业总产值213866万元，其中农业总产值92264万元，林业总产值1726万元，牧业总产值105942万元，渔业总产值7454万元；农林牧渔服务业产值6500万元；农林牧渔业增加值122449万元，其中农业增加值50595万元，林业增加值1081万元，牧业增加值62391万元，渔业增加值1531万元，农林牧渔服务业增加值3848万元。
粮食产量达27.7万吨，畜牧业产值实现9.45亿元；农产品加工收入实现30.9亿元，农民专业合作社发展到102个。 2012年，昌邑区第二产业总产值767282万元（现价）。
2012年，昌邑区工业总产值633594万元（现价），规模工业企业发展到77户；建筑业总产值133686万元（现价）。
2012年，昌邑区有卫生机构13所，卫生技术人员360人，新建2个社区卫生服务中心和10个卫生服务站；医院10个，医生170人。 2012年，昌邑区整改社会隐患2400余处。