1992年2月10日，将原郊区的欢喜乡，沙河子乡的晓光、春光、育林、南三道、沙河子村，九站乡的张久、烟达木村，孤店子镇的大红土、小红土村和昌邑区吉林大街以西、岔路乡以南的南京街道和站前街道划归船营区管辖，船营区人民政府驻伊通街。
2000年，船营区辖13个街道、2个镇、3个乡（包括70个行政村，64个社区）。
2003年，船营区辖：大东街道、南京街道、向阳街道、德胜街道、西大街道、临江街道、长春路街道、黄旗屯街道、北山街道、青岛街道、河南街道、北极街道、致和街道、大绥河镇、搜登站镇、越北镇、欢喜乡、太平乡。船营区撤销太平乡。 船营区属温带大陆性季风气候，四季分明，春季少雨干燥，夏季温热多雨，秋季凉爽多晴，冬季漫长而寒冷。年平均温度为摄氏4.9度，全年降雨量约700毫米左右。