截至2002年，定海区辖6个街道、7个镇、3个乡：解放街道，环南街道，昌国街道，城东街道，盐仓街道，临城街道，双桥镇，小沙镇，金塘镇，白泉镇，岑港镇，马岙镇，干缆镇，长白乡，册子乡，北蝉乡。另有社区居委会41个，村民委员会113个，新型社区82个，村民小组2192个。
2013年10月，定海区进行行政体制改革。撤销长白乡、小沙镇，合并设立小沙街道办事处；撤销册子乡、岑港镇，合并设立岑港街道办事处；撤销北蝉乡、白泉镇，合并成立新的白泉镇；撤销马岙镇，设立马岙街道办事处；撤销双桥镇，设立双桥街道办事处。同时，撤销解放街道，将解放街道区域分别划归环南街道和昌国街道管理；调整城东街道行政区域。
2013年末，定海区辖小沙、岑港、马岙、双桥、盐仓、环南、昌国、城东、临城9个街道，金塘、白泉、干<石览>3个镇。