汉置合浦县，宋入石康县，旋复置。原属广东省，1965年划入广西壮族自治区。1987年5月21日，国务院批准（国函[1987]84号）钦州地区的合浦县划归北海市管辖。1994年12月17日，国务院批准（国函[1994]137号）将合浦县的福成镇划归北海市银海区管辖；南康镇、营盘镇划归北海市铁山港区管辖。
1996年，合浦县面积3062平方千米，人口约107万人。辖13个镇、3个乡：廉州镇、党江镇、公馆镇、石康镇、常乐镇、乌家镇、闸口镇、沙田镇、西场镇、山口镇、石湾镇、白沙镇、沙岗镇、十字路乡、曲樟乡、星岛湖乡。县政府驻廉州镇。
2000年第五次人口普查，合浦县总人口864601人。其中：廉州镇168721人，党江镇44809人，西场镇80933人，沙岗镇32488人，乌家镇13161人，闸口镇33299人，公馆镇115072人，白沙镇79986人，山口镇64630人，沙田镇17275人，石湾镇41250人，石康镇47656人，常乐镇64578人，曲樟乡16579人，星岛湖乡24861人，十字路乡19303人。
2003年，合浦县辖13个镇、3个乡：廉州镇、党江镇、西场镇、沙岗镇、乌家镇、闸口镇、公馆镇、白沙镇、山口镇、沙田镇、石湾镇、石康镇、常乐镇、曲樟乡、星岛湖乡、十字路乡。
2005年6月21日，广西壮族自治区政府（桂政函[2005]175号）同意撤销十字路乡，原十字路乡十字、红碑城、东冲、大龙、瓜山、红廉陂6个村和十字社区划归石康镇管辖，原十字路乡佛子、珠岭、独竹3个村划归闸口镇管辖。
全县现辖13个镇、2个乡：廉州镇、党江镇、西场镇、沙岗镇、乌家镇、闸口镇、公馆镇、白沙镇、山口镇、沙田镇、石湾镇、石康镇、常乐镇、曲樟乡、星岛湖乡。县政府驻廉州镇。