全市总面积2663平方公里，辖10个镇（连州镇、保安镇、星子镇、龙坪镇、西岸镇、东陂镇、丰阳镇、西江镇、九陂镇、大路边镇）、2个民族乡（瑶安瑶族乡、三水瑶族乡），207个村委会、18个居委会。
2000年，第五次全国人口普查数据，全市总人口412060人，其中：连州镇107269人、星子镇35309人、大路边镇25228人、龙坪镇16892人、西岸镇27912人、保安镇25674人、丰阳镇14131人、东陂镇23730人、清水镇9173人、九陂镇19808人、高山镇3392人、朝天镇8330人、附城镇16165人、朱岗镇9319人、潭岭镇2636人、龙潭镇5781人、清江镇13500人、山塘镇15548人、西江镇8536人、麻步镇8258人、瑶安瑶族乡9660人、三水瑶族乡3109人。
2003年，连州市将在年底前撤并山塘、清江、潭岭等9个镇（乡）。镇（乡）总数将由原来的22个变为12个。村级撤并工作将在2004年底前完成。
连州市乡镇撤并后，初步形成了中心镇格局，以该市巾峰山为界，山上片保留了龙坪、星子、大路边、西江4个中心集镇；山下片保留了连州、东陂、九陂、保安、丰阳、西岸6个中心集镇和三水、瑶安2个民族乡。其中有9个镇人口超过3万人。