鳄蜥具有重要的科学研究价值，但种群数量在迅速减少，已经处于濒临灭绝的状态。造成鳄蜥濒临灭绝的原因，主要有以下几个方面：
第一，它仅产于广西大瑶山的少数沟冲之内，分布范围十分狭窄，而生长条件如对海拔高度、气温、雨量、水流、土壤、植被和食物等的要求，都比较苛刻。这种生境一旦遭到破坏，它的繁衍生存也就受到影响。
第二，鳄蜥1年只产1次，每次产仔2一8只左右，有些雌性还有不孕现象，所以自然繁殖率不高。幼体出生以后，还经常遭到成体的吞食、伤害，死亡率往往占出生率的80%左右。
第三，鳄蜥的生境受到严重破坏，20世纪50年代末以来，由于开荒造林，开垦农田以及开山采矿等人类活动，山林在不同程度上受到砍伐或焚烧，有些地方的山林，几乎都被砍光烧净，造成山溪断流，使鳄蜥失去了生存之地。第四，乱捕滥杀现象十分严重，有人进山大量捕捉外运倒卖，还有人成立收购站，将鳄蜥成箱外运，每次约几百只。现在瑶山鳄蜥的野外总数仅有2500条左右，其中金秀的罗香乡有500条，昭平的北陀乡和九龙乡有1500条，贺县的里松乡有500条。如不及时采取得力措施，则这一世界珍稀动物会有迅速灭绝的危险。 大瑶山
大瑶山位于广西境内中部略偏东北的一角，千峰万嶂，绵延数百里，其势雄伟磅礴，气象万千。山峰一般海拔高度为800一1500米，较高的山峰达2000米左右。这里气候温湿，雨量充沛，植物生长茂盛，动物种类繁杂，原始森林的面积有3962.42公顷，苍松翠竹所遮掩着的深沟峡谷，是鳄蜥在世界上唯一的栖息地。以保护鳄蜥和水源涵养林以及银杉等珍稀树木的自然保护区，面积为27908公顷。
广东罗坑
保护区位于广东省韶关市曲江区罗坑镇，距曲江区48km，地理坐标东经113°11′48″－113°25′ 55″，北纬24°29′24″－24°32′40″。南与英德石门台省级保护区连接，西与乳源大峡谷省级自然保护区毗邻，地势呈现为四周高、中间低、略向东倾斜的盆地地形特征。最高峰船底顶海拔1587m，最低点罗坑水库海拔约为200m。保护区位于中亚热带南缘，属亚热带季风气候，全年热量充足，冷暖交替明显，年平均气温18.4℃，年平均降水量1640mm，水资源十分丰富。
广东林州顶
位于广东信宜市思贺镇双垌管理区，地理坐标约是北纬22.51度，东经111.66度，地处茂名，阳江，云浮三个地级市的交界，区内是茂名市国营八一林场。自然保护区在云雾山脉脚下，山峰连绵，风光绮丽，1月均温14.3°C，7月均温28.1°C。虽矿产资源暂时未完全探明，但自然资源丰富，多为原始森林，在保护区边缘为人工次生林，水源特别优质。野生动物品种有山猪、黄琼、穿山甲、金钱龟等，尤其以鳄蜥数量占全球近一半称著。保护区还种植了广东省内数量最多的八角药材，信宜市也因此地有了国家“南药”基地之一的称呼。