西津河有两条比较长的支流：俞村河和方塘河。
俞村河，发源于绩溪县校头乡的西坑，在旌德县俞村乡的溪家边村与另一发源于旌德县俞村乡十都的支流汇合，由西向东流3公里进入宁国市胡乐乡境，在胡乐乡的金溪桥注入西津河，河道总长30公里。流域面积160平方公里，其中绩溪、旌德两县流域面积130平方公里，占俞村河流域总面积81.3%。
方塘河，是西津河的重要支流。该河发源于旌德县云乐乡吕家村大岭脚，自西向东流13公里，进入宁国市上坦乡，经上坦、方塘、东岸3个乡后，在东岸乡小河口处注入西津河。方塘河全长30公里，流域面积251平方公里，其中旌德县境流域面积77.2平方公里。该河10公里以上的支流有石岭河、葛村河、汪村河，这3条河的河道坡降比较大，它们与方塘河呈扇形分布。
中津河，俗称中河，明、清时期称为“洋汀源水”。该河发源于县境中南部庄村乡石门村进坞岭。中津河由南向北流经庄村、霞西、竹峰、平兴等4个乡。主河道全长43公里，河床面最宽处58.4米，最窄处10.8米，河道落差80米，平均水深0.9米，洪水期水深5.2米，枯水期水深0.2米，历史上河水最深5.2米（1961年10月5日），最小水深0米（1978年9月6日），河床平均淤积深度2.5米。中津河沿途接纳32条支流，其中10公里以上支流3条，最长的支流为虹龙河，河长23公里，流域面积102平方公里。其他两条为西坞口河，河长10公里，流域面积17平方公里；杨村河，河长14公里，流域面积27平方公里。
中津河流域面积311.4平方公里，占全县总面积12.7%。年平均流量8.56立方米/秒，年径流总量为2.7亿立方米。 境内有其主要支流7条：
华阳河，源于本县南部华阳山区，流经溪口、新田、黄渡、向阳四个乡、全长42公里，于向阳乡大洪村注入水阳江。
朝阳河，源于本县东南部双峰山南麓，流经宗村、前进、汪村、交通等行政村，全长7.5公里，于水东镇附近注入水阳江。
双桥河，位于本县东部，由双桥镇东南杨家嘴（水阳江流段）进口，经沈村乡武村湾注入南漪湖，全长21.2公里。
宛溪河（又称夏渡河），源于本县南部周王乡宝冲，流经周王、夏渡等乡并环绕城东，全长14公里，于城北三岔河注入水阳江。
牛耳港，位于本县东北部，系水阳江自然分洪进固城湖的河道之一。自卫东乡小河口起，经狸桥镇于太保圩入固城湖，全长11公里。
北山河，位于本县北部，自新河庄（水阳江流段）进口，于马山埠出口入南湖，全长7公里。
裘公河，位于本县北部，由管家渡（水阳江流段）进口，流经金宝圩西北拐，于当涂县乌溪村对岸出口，复入水阳江主流，全长22公里。
南漪湖（简称南湖）——位于本县东北部。中心座标为东经118°56′，北纬31°05′，系天然淡水湖。东岸为郎溪县境，余岸均为宣城县境。全湖水域面积205平方公里，属本县辖境为135平方公里。东北受郎川河（源自广德县境）、以及境内水阳江支流诸水。由西南隅马山埠出口，于新河庄汇入水阳江直达长江。常年水深2—4米，湖底高程5—6米，最高水位12.5米，最低水位9米，自古以来为本县的一大利薮。
固城湖（又称小南湖）——位于本县北部，距县城45平方公里。全湖水域面积81平方公里，其西南隅属本县辖境，面积15平方公里。余为江苏省高淳县辖。常年水位为7米左右。为本县水阳江调蓄泄洪的湖泊之一。 裘公河，水阳江支流，花桥乡东门渡至当涂乌溪，长21.7公里，河面平均宽57米，河水漫滩后平均宽208米，呈北西向展布。
竹塘河，三元乡立新圩至花桥乡东门渡入裘公河，长14公里。
杨青河，三里埂至清水镇，是水阳江和青弋江串通河，全长11.3公里。
青山河，水阳江下游支流，芜当两县界河，三里埂至大闸乡小联辛，长16.3公里。河面平均宽81米。 石臼湖，位于境内东南隅，与江苏省高淳、溧水二县交界处，以湖心中流河的中心线为界，西部属当涂县，东部属江苏省。湖形酷似石臼，故称之。它与丹阳、固城二湖，通称三湖。本世纪50年代，当水位7米时，湖面250平方公里，容积3.8亿立方米；9米时，湖面260平方公里，容积9亿立方米；12米时，湖面263平方公里，容积17亿立方米。因沿湖三县不断的围湖造田，已共围垦61.2平方公里，现有湖面约200.71平方公里，当水位12米时，储水量13亿立方米，比50年代减少4亿立方米。石臼湖系古丹阳湖解体演变而成。今入湖沉积泥砂，主要来自汛期，占全年淤积量的55～84%，丰水年淤积量420万吨（1954），平水年118万吨（1960）。有纪录以来，最高水位为12.41米（1954·8·22、1983·7·14），最低水位5.08米（1979）。湖面发生四级风，即形成0.5米高浪，汛期最大风力可达9级，威胁湖堤的安全。
丹阳湖，简称丹湖，因秦置丹阳县而得名。先秦时为薮泽，古中江由泽所经，即沟通吴楚的“中江出（芜湖县）西南，东至阳羡（今江苏宜兴县南）入海”（《汉书·地理志》）。迨两汉时中江淤塞，湖泊才逐渐定型，最大湖面积3000平方公里，形成皖南山洪的汇集之区，长江西水东流入震泽的通道。今丹阳、石臼、固城、南漪四湖以及当涂、宣城、芜湖、溧水、高淳等县沿湖圩区，原均属古丹阳湖地。因屡经围垦，使古丹阳湖成为丹阳、石臼、固城、南漪四湖。解放初，丹阳湖湖区面积184平方公里。1966年12月10日，中国人民解放军南京部队某部报安徽省批准，围垦丹阳湖20平方公里，称为丹阳湖军垦农场。围垦后的丹阳湖，只剩下运粮河等水面，丹阳湖已不存在。