1、政府的引导力度尚待进一步加强。政府在资源整合、合理有效引导等方面有待加强和改进，电商从业人员总体比较分散，从产品选择、包装、物流发货一般都是独立完成，进货渠道和货源相近，质量不统一无保证，同质化竞争普遍存在，竞争压力大而利润不高，影响农村电商的发展。
2、对农村发展电子商务的认识有差距。一些干部群众尚未认识到农产品电子商务在解决农产品销售难、增加农民收入、促进三农发展中的战略作用和意义，电子商务对促进传统农业生产经营模式的创新发展中的作用尚未充分发挥，对经济转型和价值创造的贡献潜力尚未充分显现。
3、农村电子商务人才普遍缺乏，电子商务的发展还需要大批专业技术人才。目前长期生活在农村的人群以中老年为主，文化素质较低，对于电脑、智能手机、互联网服务接触很少，对电子商务的概念不了解。三明农产品电子商务工作人员供需矛盾突出，特别是缺乏熟练既掌握电脑网络操作又具有营销策划推广的专业人才。
4、农产品的物流配套体系培育不足。农产品级差大、易腐性、保鲜难、季节性，在物流环节过程中对包装、分类、装卸，运输，仓储有特定的要求，三明各县乡镇一级的物流交通体系、特别是冷链物流能力还较薄弱，有待进一步加强。
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