分布于中国（广东，广西，湖南-可能灭绝）和越南。
是中国的特产物种，在地理分布上极为特殊，中国最新曾在广西大瑶山一带的贺州市里松乡姑婆山、昭平九龙乡、北陀乡和金秀瑶族自治县的罗香乡的平竹、罗莲、罗丹、罗香、琼伍大队部分冲沟附近，以及广东韶关曲江罗坑镇发现鳄蜥，而广西大瑶山发现的鳄蜥又名瑶山鳄蜥。
2007年，坐落在广东省信宜市思贺镇双垌范围内的茂名市林州顶自然保护区里，当地居民开始陆陆续续发现疑似野生鳄蜥的踪迹，2008年经过华南濒危动物研究所及多方研究人员的鉴定确是鳄蜥。这是中国也是世界上首次发现生活在北回归线以南的鳄蜥，这一重大发现使鳄蜥的种群数量及分布图被重新改写。当地有关部门立刻着手展开救护工作。在已救护的250多只鳄蜥中，还发现了约50只鳄蜥“准妈妈”，因此该区域的鳄蜥数量还将有大幅增长。林洲顶的鳄蜥种群极可能是目前已知鳄蜥种群中数量最大的。
