潖江流域支流众多，其中集水面积大于100平方公里的主要支流有：潖二水、四九水和龙南水。
潖二水，又名鳌头水，发源于从化县鳌头镇的金星山，经过鳌头镇、龙潭镇流经佛冈县龙山镇的鹤田村，穿过猢狲峡出白沙塘村，至龙山镇汇入潖江。潖二水流域集水面积323平方公里，河床平均坡降为1.64‰，潖二水在佛冈县境仅5.5公里，集水面积12.5平方公里。
四九水，又名稳洞水，发源于四九田心的黄竹田村的红坪脑（山顶名）。先向东流，至石瓮经横坑村折向东北于亚髻山南麓蜿蜒至田心村、官山村，流经四九圩、菱塘、白石坳、汤塘镇的上黎、良安、围镇、脉塘等村，至汤塘圩的北侧汇入潖江。四九水流域面积为116平方公里，河长25公里，河床平均坡降为3.8‰。
龙南水，又名汶坑水，发源于龙南镇石联村大石坑顶的马将旗（山顶名）分水岭。流域面积110平方公里，河长27公里，河床平均坡降为6.47‰。该水由发源地开始，奔流于群山中，经两叉口（地名）与两条小支流汇合后，成“U”字形弯曲折向石龙头村，经石联、马路口、里水、咸水村，过旱塘（龙南镇政府驻地）、龙盘、石群等村，转折向东南，经汶坑、小坑、元山村、石角镇的科旺，在店前村东侧汇入潖江。流域面积绝大部分属龙南镇所辖。